lab-workflow

我要把实验方案、记录和自动化平台接起来

把 protocols.io、Benchling、Opentrons、Pylabrobot 和实验日志纳入同一个科研执行链,减少手工搬运和不可追溯。

适合谁

湿实验课题组自动化平台使用者需要规范实验记录的人

准备这些材料

实验 protocol 或 SOP样本/试剂/板位信息仪器平台或 API 凭据说明实验记录模板

会调用的 Skills

sa.protocolsio-integrationsa.benchling-integrationsa.opentrons-integrationsa.pylabrobotns.nature-experiment-log

开始前

先安装这个工作流需要的 Skills

选择你的系统和 Agent,复制命令到终端运行。安装完成后,再把下方提示词交给 Agent。

系统
Agent
curl -sSL https://paperskills.com/scripts/paperskills-install.sh | bash -s -- \
  --tool codex \
  --skills sa.protocolsio-integration,sa.benchling-integration,sa.opentrons-integration,sa.pylabrobot,ns.nature-experiment-log \
  --registry https://paperskills.com/api/registry

推荐工作流

第 1 步 · sa.protocolsio-integration

整理 protocol 和材料表

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发给 Agent 的任务

用 protocolsio-integration 把现有 SOP 拆成步骤、材料、参数、注意事项和版本记录,并标出需要人工确认的地方。

建议产出

结构化 protocol材料清单确认项

第 2 步 · sa.benchling-integration

连接实验数据平台

查看 Skill

发给 Agent 的任务

用 benchling-integration 设计实体、库存、ELN 条目和查询字段的映射,让实验结果能回流到项目记录。

建议产出

Benchling 映射数据字段回流规则

第 3 步 · sa.opentrons-integration

生成自动化执行草案

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发给 Agent 的任务

用 opentrons-integration 或 pylabrobot 将关键步骤转为机器人协议草案,输出板位、移液动作、校验点和模拟运行清单。

建议产出

机器人协议草案板位图模拟检查清单

protocolsio-integration

与 Protocols.io API 集成,用于管理科学协议。当使用protocols.io搜索、创建、更新或发布协议时,应该使用此技能;管理方案步骤和材料;处理讨论和评论;整理工作空间;上传和管理文件;或将protocols.io 功能集成到工作流程中。适用于协议发现、协作协议开发、实验跟踪、实验室协议管理和科学文档。

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benchling-integration

Benchling研发平台整合。通过 API 访问注册表(DNA、蛋白质)、库存、ELN 条目、工作流程、构建基准应用程序、查询数据仓库,实现实验室数据管理自动化。

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opentrons-integration

适用于 OT-2 和 Flex 机器人的官方 Opentrons 协议 API。在专门为 Opentrons 硬件编写协议时使用,可以完全访问协议 API v2 功能。最适合生产 Opentrons 协议,官方 API 兼容性。对于多供应商自动化或更广泛的设备控制,请使用 pylabrobot。

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pylabrobot

与供应商无关的实验室自动化框架。当控制多种设备类型(Hamilton、Tecan、Opentron、读板机、泵)或需要跨不同供应商进行统一编程时使用。最适合复杂的工作流程、多供应商设置、模拟。对于具有官方 API 的仅限 Opentrons 的协议,opentrons 集成可能更简单。

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nature-experiment-log

标准化实验日志技能:接收图像、语音或文字等原始素材,自动生成带 YAML frontmatter 的规范日志并归档至 Obsidian 知识库;可搭配飞书 CLI 或手动录入使用。

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生命科学数据自定义科研 Agent